Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich bada skargi złożone na niewłaściwe administrowanie w instytucjach i organach Unii Europejskiej (UE), takich jak między innymi Rada Unii Europejskiej oraz Parlament Europejski. Europejska Agencja ds. Leków oraz Europejski Fundusz ds. Poprawy Warunków Życia i Pracy stanowią kolejne przykłady struktur unijnych, których funkcjonowanie podlega zbadaniu. Spod jurysdykcji Europejskiego Rzecznika wyjęte są jedynie Trybunał Sprawiedliwości, Sąd Pierwszej Instancji oraz Sąd do spraw Służby Publicznej, wykonujących swoje funkcje sądowe.

    Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich z reguły prowadzi postępowanie na podstawie skarg, może również wszcząć postępowanie z własnej inicjatywy.

Europejski Rzecznik Praw Obywatelskich nie może prowadzić postępowania w sprawie:

• skarg złożonych na krajowe, regionalne lub lokalne władze, nawet jeśli skargi te dotyczą spraw związanych z Unią Europejską. Dotyczy to między innymi urzędów centralnych, agencji państwowych i rad miejskich.
• działań krajowych sądów lub krajowych rzeczników praw obywatelskich. Europejski Rzecznik nie jest organem odwoławczym od decyzji podjętych przez te instytucje.
• skarg wniesionych przeciwko firmom lub osobom fizycznym.